Czytelnik po raz pierwszy spotyka mistrza w klinice psychiatrycznej doktora Strawińskiego. Zapytany przez Iwana Bezdomego czy jest pisarzem, odpowiada : "Jestem mistrzem ... Nie mam już nazwiska... Wyrzekłem się go, jak zresztą wszystkiego w tym życiu". Rozpoczyna swoją historię pisania powieści o Poncjuszu Piłacie i tragicznej miłości do Małgorzaty. Obydwoje - mistrz i jego ukochana nie byli szczęśliwi w swoich małżeństwach. I nagle, pewnego wiosennego dnia na moskiewskiej ulicy spotykają się - "Miłość napadła na nas tak, jak napada w zaułku wyrastający spod ziemi morderca, i poraziła nas oboje od razu." - mówi mistrz. Byli bez reszty pochłonieci sobą nawzajem i pisaną przez mistrza powieścią. Kiedy zostaje ona odrzucona przez wydawcę i bezwzględnie wyszydzona przez krytyków na łamach czasopism mistrz powoli zaczyna wpadać w chorobę. Któregoś wieczora, w przystępie rozpaczy i lęku wrzuca do pieca rękopis powieści wraz ze wszystkimi kopiami maszynopisu. Małgorzacie udaje się uratować plik stron, ale cała reszta ginie w ogniu. Następnego dnia mistrz dostaje się do szpitala psychiatrycznego, porzucając nadzieję, że jeszcze kiedykolwiek ujrzy swoją ukochaną. Jednakże Małgorzata niedługo potem spotyka Wolanda - wszechmocne uosobienie Szatana, który w tym czasie ze swoją świtą penetruje Moskwę przyglądając się ( i nie tylko przyglądając ) jej mieszkańcom. Po przemianie w wiedźmę Małgorzata opuszcza dawnego męża i odlatuje, demolując po drodze mieszkanie krytyka Łatuńskiego, który "zgubił" mistrza. Przyłącza się do Wolanda, który ostatecznie pomaga jej ponownie połączyć się z ukochanym. Znowu są razem. Na prośbę Wolanda o pokazanie powieści mistrz stwierdza, że jest to niemożliwe, ponieważ ją spalił. "Przepraszam, nie mogę w to uwierzyć ... to niemożliwe, rękopisy nie płoną"- odpowiada Woland. I oczom wszystkich ukazuje się ocalony manuskrypt.

Odzyskany rękopis to nie tylko popis siły złych mocy, ale przede wszystkim dowód na siłę samej powieści. Potwierdza to zdanie wypowiedziane przez Wolanda. Rękopis ma w sobie o wiele więcej mocy, niż papier na którym został napisany, nie może odejść w zapomnienie przez sam fakt wrzucenia stron do ognia. Historia opisana przez mistrza ma charakter apokryficzny, fakty znane z Biblii są w dużym stopniu zmienione. Sam Jeszua Ha-Nocri w czasie spotkania z Piłatem rozmowny i chętny do wyjaśnień, które pomogłyby mu uratować życie, jest kimś zupełnie innym niż ewangeliczny milczący wobec oskarżeń Jezus. Także imiona innych bohaterów zostały zniekształcone w stosunku do oryginału, pisarz nadał im ponadto więcej emocji, więcej życia. Dlatego opowieść przekształcona przez mistrza staje się czytelnikowi bliższa od oryginału, bardziej życiowa, wnika mocniej w charaktery i psychologię postaci - szczególnie Piłata. Jego historia nie kończy się na ewangelicznym umyciu rąk. To właśnie temat powieści decyduje o jej odrzuceniu przez wydawcę, który wątek biblijny nazywa wprost "niedorzecznym". Jednocześnie sytuacja ta daje obraz nacisków, jakie były udziałem wszystkich współczesnych Bułhakowowi twórców. Nikt nie miał prawa zbłądzić z narzuconej w porewolucyjnej Rosji przez władzę ścieżki na której obowiązywał socrealistyczny wzorzec. Włączanie zaś motywów religijnych, w państwie, które na wszelkie sposoby religię usiłowało wykorzenić, bardzo komplikowało sytuację.

Woland i jego świta powoli poznają Moskwę i jej mieszkańców. Organizują w Teatrze Varietes seans czarnej magii, w czasie którego z sufitu lecą pięciorublowe banknoty, panie zaś zostają obdarowane ekstrawaganckimi strojami. Czar tych bogactw jest złudny, bo czasowy. Ruble zamieniają się w butelkowe etykiety, kobiety po wyjściu z teatru odkrywają, że zostały w samej bieliźnie. Woland czuje dużą satysfakcję odkrywając słabość Moskwian, którzy w podnieceniu i całkowitym zapamiętaniu walczą o zdobycie tych wszystkich bezwartościowych rzeczy. Woland udowadnia, że naprawdę nie wierzą w nic poza dobrami materialnymi, które i tak w końcu znikają. Przedmioty i pieniądze okazują się tylko przywidzeniem bezdusznych, chciwych i płytkich ludzi. Z drugiej strony Woland zdaje się odczuwać sympatię dla mistrza i jego ukochanej. Są oni jedynymi ludźmi, których świat wartości przetrwał i może budzić szacunek nawet u takiej postaci jak wszechmocny Woland. Mistrz po wygraniu na loterii pokaźnej sumy nie uległ szaleństwu gromadzenia rzeczy, tylko wynajął dwa pokoje w suterenie, "nakupił mnóstwo książek" i rozpoczął pracę nad swoją powieścią. Małgorzata także nie jest podatna na wpływ bogactwa i komfortu. Małżeństwo z zamożnym, wpływowym mężczyzną nie przynosi jej szczęścia. Tęskni do życia z kimś kogo mogłaby kochać, szanować, uwielbiać - tęskni za mistrzem. Woland lubi mistrza za śmiałość, dzięki której pisze on taką a nie inną powieść, za jego uparty idealizm. Małgorzata budzi podziw odwagą, niezachwianą wiarą w dzieło ukochanego i determinację z jaką o niego walczy. W świecie pełnym zaślepionych głupców tylko tych dwoje wyznaje wartości ponadczasowe i niezniszczalne - takie, które "nie płoną". Woland wie, że są warci tego, by ich uratować. Obydwoje mają też moc, którą dzięki Wolandowi uświadamiają sobie - siłę przebaczania i wyzwolenia innych od cierpień. Frieda uwolniona zostaje przez Małgorzatę, Piłat przez mistrza.

Spotkanie z Jeszuą wywołuje głęboki niepokój w duszy prokuratora Poncjusza Piłata. Już zawsze będzie odczuwał niedosyt rozmowy z tym dziwnym człowiekiem - wędrownym filozofem i lekarzem. Tchórzostwo, które nie pozwoliło prokuratorowi uchronić Jeszuy zaciąży na jego sumieniu powodując nieustający żal, pogłębiany jeszcze przez fanatycznie oddanego Jeszui Mateusza Lewitę. Zagubieni będą obydwaj - Mateusz, po stracie swojego mistrza i Piłat, ze swoim pragnieniem dalszego ciągu niedokończonej rozmowy. W rozdziale 32 Piłat pojawia się w opisywanych przez narratora czasach. Kiedy mistrz i Małgorzata stają się nieśmiertelni Woland mówi do mistrza : "Powieść twoja została przeczytana ... i powiedziano tylko jedno - że nie jest ona niestety zakończona. Chciałem ci zatem pokazać twojego bohatera. ... chciałby iść i rozmawiać z więźniem Ha-Nocri, ponieważ, jak utrzymuje, nie zdążył czegoś dopowiedzieć wówczas, dawno temu, czternastego dnia wiosennego miesiąca nisan." Spotkanie mistrza z Piłatem to łącznik między przeszłością, a "teraźniejszością". Równolegle prowadzone dotąd wątki wreszcie znajdują punkt przecięcia. Pojawia się też inna postać sprzed dwóch tysięcy lat - Mateusz Lewita - posłaniec od Jeszui. Mistrz wyzwala Piłata i powieść znajduje swoje zakończenie. Siła pisarza i jego dzieła pozwala mu na ingerencję w rzeczywiste losy bohaterów, daje mu moc przebaczania. Jednym pociągnięciem pióra, zdaniem "Jesteś wolny !" mistrz na zawsze zmienia przeszłość.
Czas i przestrzeń w obecności takiej osoby jak Woland tracą swoje cechy. Okres dwóch tysięcy lat jest ledwie chwilą dla kogoś, kto jest nieśmiertelny, zmiana moskiewskiego mieszkania w pałac o nieograniczonych wręcz wymiarach, to rzecz banalna. A jednak Woland nie ma wpływu na sam bieg wydarzeń, jego rola to wydłużenie, czy skrócenie czasu. Mimo jego potęgi czujemy, że i szatan może zrobić tylko to, na co ON mu pozwoli. ON też - Jeszua - daje mistrzowi i Małgorzacie ukojenie w ich wiekuistej przystani.

Zastosowany w "Mistrzu i Małgorzacie" literacki chwyt "powieść w powieści" ma swoje ważne zadanie. Dzięki temu Bułhakow mógł głębiej wniknąć w to czym jest literatura, kim jest pisarz. Wszyscy współcześni Bułhakowowi twórcy mogliby identyfikować się z opisywanym przez niego mistrzem, kolejami jego losu. Pisarze mieli świadomość, że żadne napisane przez nich słowo nie uniknie wnikliwego oka cenzora. Stawka w tej grze była wysoka. Na "zdrajców" socrealistycznych idei czekało napiętnowanie, uwięzienie, niejednokrotnie nawet śmierć. Pisarze mieli tylko dwie drogi : albo ulec presji, podporządkować się i tworzyć według narzuconego kanonu, albo też pisać według własnych przekonań i nie mieć nadziei, że ich dzieło kiedykolwiek ujrzy światło dzienne. Taki układ mógł niejednego pisarza doprowadzić do szaleństwa - to na przykładzie mistrza pokazuje Bułhakow. Nie pozbawia nas także swojej opinii na temat światka literatów "akceptowanych" przez władzę. Członkowie MASSOLIT-u to śmieszni, przeważnie pozbawieni talentu, mali ludzie. Jest rzeczą jasną, że w historii tytułowego mistrza Bułhakow zawarł opowieść o sobie samym. Żadna z jego książek nie została wydana w Rosji Radzieckiej za jego życia. Jego sztuki teatralne poza "Dniami Turbinów" albo nie wychodziły poza próby, albo schodziły z afisza po kilku przedstawieniach. Mimo wielu załamań pisarz nigdy nie stracił nadziei. Pisał, choć gdzieś głęboko wiedział, że być może nigdy nie doczeka się publikacji. Tak, jak jego bohater, Bułhakow był rozwiedziony i miłość swojego życia - Helenę Siergiejewnę - poznał będąc już dojrzałym mężczyzną. Jak Małgorzata w stosunku do mistrza, tak i Helena zaangażowana była bez reszty w dzieło swojego męża. Po jego śmierci troskliwie opiekowała się spuścizną po pisarzu doprowadzając w 1966 roku do pierwszego wydania "Mistrza i Małgorzaty". Spalenie rękopisu to najprawdopodobniej echo spalenia rękopisu "Martwych dusz" przez Mikołaja Gogola, który był ukochanym pisarzem Bułhakowa i jego duchowym mistrzem.